Vědecká a výzkumná činnost Ústavu ochrany proti zbraním hromadného ničení je zaměřena na aplikovaný (orientovaný) výzkum ve specificky vojenských vědních disciplínách, přednostně ve prospěch resortu ministerstva obrany. Ústav, jako pracoviště základního výzkumu, je zaměřen na problematiku studia nových metod a technologií ochrany před účinky zbraní hromadného ničení s důrazem na  extrémně toxické látky typu bojových chemických látek, radioaktivní látky s charakterem otevřených zářičů, bojové biologické prostředky typu toxinů, radiologické látky, zápalné látky, diverzní a sabotážní jedy, průmyslové sloučeniny, pesticidy, dýmy a aerosoly. Navazuje na výzkumné projekty realizované od vzniku pracoviště (v roce 1972) a zároveň představuje výhledově základní dlouhodobý program výzkumu.

Cílem vědecké a výzkumné činnosti ústavu je systematické shromažďování relevantních výsledků při řešení výzkumných záměrů a projektů obranného výzkumu, nezbytných pro systémová opatření v resortu ministerstva obrany i mimo něj a soustavnou modernizaci systému technických prostředků ochrany před účinky zbraní hromadného ničení a ostatními radioaktivními a toxickými látkami. Naplňováním těchto cílů dochází ke zvýšení efektivnosti celého systému obrany před ničivými účinky zbraní hromadného ničení a snížení ztrát na životech, zdraví a majetku na co nejnižší možnou míru.

Ústav jako vědecko-výzkumné pracoviště rozvíjí hodnotící vědeckou práci v oborech souvisejících s ochranou proti zbraním hromadného ničení, spolupracuje na projektech obranného výzkumu s organizacemi a institucemi s vývojovou působností v resortu obrany i mimo něj, včetně zahraničních, s důrazem na členské státy NATO. Vedle těchto úkolů je důležitou složkou činnosti ústavu i informační, expertní a normotvorná podpora resortu obrany a státní správy.

Výsledky příslušníků ústavu ve vědecké práci dokumentuje rozsáhlá publikační aktivita, pořádání odborných konferencí a seminářů a aktivní účast na domácích i zahraničních konferencích a sympóziích. Na Ústavu ochrany proti zbraním hromadného ničení celkem působí 9 nositelů vědeckých hodností – dva profesoři, dva docenti a šest Ph.D. a Dr.

Aktuálně řešené projekty v oblasti výzkumu, experimentálního vývoje a inovací:

Projekt na rozvoj organizace (Univerzita obrany, dílčí projekt ÚOPZHN)

• Výzkum nových metod a technologií ochrany před účinky zbraní hromadného ničení a průmyslových nebezpečných látek

Program Centra kompetence (Technologická agentura České republiky)

• Centrum rozvoje technologií pro jadernou a radiační bezpečnost: RANUS – TD

MŠMT – Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy, Program mezinárodní spolupráce ve výzkumu a vývoji VES18 Inter-Excellence

• ADAR – pokročilý jaderný reaktor řízený urychlovačem (LTAUSA18198)

Dokončené projekty v oblasti výzkumu, experimentálního vývoje a inovací:

• Projekty obranného výzkumu
• Mezinárodní a grantové projekty, výzkumné záměry a úkoly
• Specifický výzkum na vysokých školách
• Výzkum nových metod a technologií radiační a chemické ochrany a způsobu jejich realizace

Spolupráce při řešení úkolů výzkumu, experimentálního vývoje a inovací